I religiosi Mercedari da sempre custodi del Santuario, visto il notevole aumento del numero di fedeli che, provenienti da ogni parte, salivano ogni giorno il colle di Bonaria per venerare il Simulacro della Vergine sbarcato prodigiosamente ai piedi della collina il 25 marzo 1370, pensarono di erigere un nuovo tempio più grande e maestoso della piccola chiesa fatta costruire nel 1325/26 da Alfonso d’Aragona, conquistatore della Sardegna.

Era, allora, arcivescovo di Cagliari un illustre mercedario spagnolo, Mons. Bernardo de Cariñena, il quale incoraggiò e lodò l’iniziativa dei suoi confratelli, al punto da scrivere a tutti i parroci della diocesi per invitarli a propagandare l’iniziativa. Anche il governo piemontese, inizialmente, si mostrò favorevole alla costruzione della chiesa, mettendo a disposizione i propri architetti per l’elaborazione di un progetto per quello che, secondo il desiderio del Padre Matteo Contini, doveva essere “il tempio migliore e più grande di tutto il regno”.
La Basilica di Bonaria è oggi il massimo tempio cristiano della Sardegna, e la sua costruzione è durata parecchi secoli. La prima pietra fu posta il 25 marzo del 1704. I lavori durarono a lungo e sono stati ostacolati da problemi e difficoltà di ogni genere, come la mancanza di denaro, soprusi vari commessi dai governanti sabaudi che per pagare i militari requisivano il denaro messo da parte dai religiosi. In seguito ci fu poi quella che pareva la sospensione definitiva quando anche il Convento fu requisito ai tempi delle leggi eversive.

Finalmente un religioso, Padre Adolfo Londei, levò un grido che si udì per tutta la Sardegna: “Maria lo vuole!” A questo religioso fece eco la voce di un Arcivescovo, Mons. Pietro Balestra, che appoggiò e incoraggiò con ogni mezzo la ripresa dei lavori. Da allora la costruzione della Basilica andò avanti senza mai interrompersi, se non per qualche piccolo periodo durante la guerra. Il tempio, anche se incompleto, fu consacrato il 25 aprile 1926 dal Cardinale Bisleti, ricevendo il titolo, benignamente concesso da Pio XI, di Basilica Minore.
La guerra causò grossi danni alla Basilica, distruggendone la cupola, parte di una navata e tutti gli affreschi e gli stucchi che l’adornavano. Con coraggio e forza di volontà e con l’aiuto delle autorità la Basilica è stata rimessa nuovo e completata.

Negli anni 90 un grosso intervento di restauro ha fatto sì che la “Casa di Maria di Bonaria” fosse risistemata integralmente; interventi successivi, quasi continui si potrebbe dire, permettono ai fedeli di poter celebrare in un ambiente decoroso e accogliente e vivere la spiritualità mariana anche con la agibilità del luogo di culto.