Il 7 dicembre 1960, dopo anni di restauro, si riaprì al culto il Santuario, con la benedizione del nuovo altare, alla presenza del Padre Generale dell’Ordine e di tutte le autorità cittadine e regionali. Il giorno dopo, l’Arcivescovo, al termine della Messa Vespertina e prima della solenne processione, lesse una lettera del nuovo papa, Giovanni XXIII, il quale volle essere spiritualmente presente in mezzo ai fedeli: “Sappiamo immaginare lo spirituale entusiasmo delle buone e laboriose popolazioni della Sardegna, invitate ad onorare con speciale solennità la Vergine Santissima, loro celeste Patrona Massima – quale fu proclamata dal santo Pontefice Pio X di gloriosa memoria- ed esultiamo al pensiero delle pie turbe pellegrinanti alla Basilica di Nostra Signora di Bonaria in Cagliari, riportata a splendore di culto e di religioso servizio”.
La lettera del papa, datata 3 dicembre 1960, porta la firma e una nota scritta di suo pugno, che dice: Giovanni XXIII, papa, pellegrino umile e devoto a Bonaria dove celebrò il 29 ottobre 1921.
Pochi mesi dopo, il papa si fa sentire ancora. Ricevendo in udienza la carovana ciclistica del giro di Sardegna, il papa rivolge ai corridori brevi e significative parole:
“Cari figlioli, buon viaggio, buon successo e felice ritorno! Quando arrivate a Cagliari ricordatevi che lì vicino vi è un Santuario che è il più bello della Sardegna: è il Santuario della Madonna di Bonaria. E voi, con le vostre preghiere, dite alla Madonna che il papa vi ha mandato da Lei perché benedica l’Italia, le vostre famiglie, tutta la gioventù, e quando tornate venite da me che vi accoglierò sempre volentieri. Buon viaggio, figlioli!”. Da allora la corsa ciclistica sarda ha sempre fatto sosta a Bonaria.