La costruzione del Santuario risale a quando, il re d’Aragona conquistò la Sardegna scacciandone gli odiati pisani. Alfonso IV, per ordine del re Giacomo, si accampò ai piedi del colle di Bonaria, da dove ebbe inizio l’espugnazione.
La conquista della Sardegna si rivelò per Alfonso più difficile del previsto, e dovette affrontare il nemico in durissime battaglie. Dopo aver firmato la pace, continuò a rafforzare le difese già predisposte sul colle di Bonaria, fino a che ebbe costruito una cittadella fortificata che il Principe volle dotare di una Chiesa, eretta in ringraziamento alla SS. Trinità e alla Vergine, che venne affidata dapprima ad un sacerdote, e successivamente il 17 ottobre del 1335 ai religiosi Mercedari, intitolandola alla Madonna della Mercede.
Salita l’ampia scalinata, ci si ritrova sul grande piazzale fatto costrui¬re dal Comune di Cagliari, dinanzi alla facciata del Santuario e della Basilica. Un piaz¬zale molto bello, realizzato con le tipiche pietre di tante strade e piazze della Sardegna, divise in riquadri da lunghe fasce di lastre di pietra e con al centro un grande stemma dell’Ordine della Mercede.
Ai lati della piazza, vi sono due monumenti in bronzo, opere dello scul¬tore Franco D’Aspro, eretti in occasione della venuta di Paolo VI, rappresen¬tanti una nave in balia dei venti, con lo stemma della Mercede, e la Vergine di Bonaria che con la sua presenza rassicura il cuore dei suoi devoti. Guardando verso il complesso monumentale di Bonaria, notiamo, sulla sinistra la facciata del convento dei Religiosi Mercedari, addossato al Santuario, il quale a sua volta è contiguo alla Basilica.
La facciata del convento è piuttosto semplice anche se imponente. “La facciata (del Santuario) è sporgente a curva, ed il vestibolo è sor¬montato da una calotta ch’è posteriore alla Chiesa. Sopra la porta dell’ingresso vi è una lunetta in cui vi è rappresentata la Vergine di Bonaria con una barca in mano. Conforme al simulacro che si venera nell’altar Maggiore, ed ai lati le armi di Aragona” .
Questa vecchia facciata del Santuario, di cui parla il Canonico Spano, è stata completamente ristrutturata, durante i lavori del 1958 ed è opera dell’arch. Gina Baldracchini di Perugia. È stata realizzata in pietre calcaree, bugnate, è di fattura molto semplice, con un gran rosone al centro da cui penetra verso l’interno una luce tenue e riposante. Il portale, preesistente, molto bello, proviene dalla vecchia Chiesa di San Francesco in Stampace. Sulla lunetta è stata posta una piccola statua in bronzo della Madonna di Bonaria, opera dello scultore romano Arnolfo Bellini.
