È storicamente certo che durante il secondo viaggio verso l’America nel 1493, Cristoforo Colombo era accompagnato anche da religiosi Mercedari, come si ricava dall’opera scritta nel 1516 da Pietro Martire di Angleria, De orbe novo Decades. Secondo alcune affermazioni essi furono: Giovanni Infante, Giovanni Solorzano e Giorgio di Siviglia, che fungevano da cappellani. Negli anni seguenti altri Mercedari accompagnarono le truppe spagnole dirette in America.
Questi primi religiosi, una volta giunti a destinazione, e seguendo l’avanzare degli occupanti, iniziavano anche l’evangelizzazione degli indigeni nei luoghi dove si fermavano.

In seguito alla spedizione di un gruppo di religiosi nel 1514 si fondò il primo convento mercedario in Santo Domingo, che fu il punto di arrivo e il centro di espansione missionaria verso altre regioni del continente americano per molti Mercedari che portarono in molti luoghi dell’America Latina la fede cristiana e la devozione a Maria della Mercede.

Come metodo di evangelizzazione i religiosi anzitutto cercavano di imparare la lingua dei nuovi popoli e di conoscere il loro modo di vivere; poi presentavano alle persone che andavano a trovare nei luoghi delle loro residenze, le verità della fede cristiana attraverso la croce e i catechismi che scrivevano; infine organizzavano i nuovi cristiani per la celebrazione dei divini misteri.

I Mercedari presero anche la difesa dei popoli nativi contro gli abusi dei conquistatori spagnoli, denunciando i loro soprusi alle competenti autorità.
L’espansione dei Mercedari in America, nonostante tutte le difficoltà facilmente immaginabili, fu abbastanza rapida in tutta la parte centrale e meridionale di quel continente, seguendo le avanzate dei vari conquistatori spagnoli.

Dopo Santo Domingo furono queste le principali tappe della diffusione dell’Ordine: Messico (1516), Panama (1522), Costa Rica e Venezuela (1535), Equador (1534), Perù e Bolivia (1532), Argentina (1536), Cile (1562).