Osserviamo gli Altari e le Cappelle della Basilica. Gli altari delle navate laterali sono stati quasi tutti realizzati su disegno di Gina Baldacchini, a cominciare dal 1950.
Partendo dall’ingresso a destra.
Troviamo l’altare della Madonna Ausiliatrice, il titolo mariano caro a San Giovanni Bosco. Il quadro è opera del pittore Antonio Mura di Aritzo. Rappresenta la Vergine assisa su un trono, con due angeli che sorreggono una corona sul suo capo. Ai piedi della Madonna troviamo sulla destra San Giovanni Bosco, sulla sinistra San Raimondo Nonnato e in ginocchio Santa Rita da Cascia. Vi è raffigurato anche il primo beato Indio (argentino) Zeffirino Namuncurà. La presenza di Santa Rita è stata voluta dai donatori per onorare la memoria della loro madre devota della Santa. L’altare è stato costruito nel 1951, come risulta dall’iscrizione posta ai piedi dell’altare stesso: Sardinia Matri Suae 1951. Sul piedistallo si intravede, in piccolo, l’incoronazione della Madonna, per esprimere il nuovo titolo mariano di Madre della Chiesa, attribuitole da Paolo VI.

Il secondo altare è dedicato alla Vergine assunta in Cielo. Risale al 1950 e fu costruito per celebrare la proclamazione del dogma dell’Assunta da parte di Pio XII. Anche questo quadro è opera del Mura. La Vergine è raffigurata mentre sale al Cielo tra uno stuolo di Angeli in festa; in basso un angelo con una spada fiammeggiante allontana un demonio, mentre un gruppo di fedeli devoti contempla gioioso la scena dell’Assunzione. Tra i personaggi in primo piano si erge la mistica figura di Papa Pacelli, il Papa dell’Assunta.

Il terzo altare è dedicato alla Sacra famiglia. Fu realizzato nel 1951 da Giuseppe Aprea. Rappresenta Giuseppe mentre lavora nella sua bottega di falegname e Maria alle prese col Bambino Gesù. Dall’alto, la figura dell’Eterno Padre che contempla la scena con evidente compiacimento.
Sul lato sinistro della cappella vi sono due lapidi. La prima ricorda la ripresa dei lavori della Basilica nel 1910, la seconda è una lapide funeraria posta sui resti dell’architetto Riccardo Simonetti.

Il quarto Altare è dedicato alla Madonna di Fatima. In precedenza questa cappella era dedicata a Nostra Signora del Sacro Cuore e costruita nel 1936. Nella ristrutturazione degli altari fu necessario demolirlo per allinearlo a tutti gli altri. L’immagine della Madonna attualmente è sistemata sulla parete esterna al lato destro della Basilica. Il quadro della Madonna di Fatima è opera di Antonio Mura e rappresenta l’apparizione della Vergine avvolta di luce ai tre pastorelli circondati da una folla di persona che contemplano estatiche la scena.

Sul lato sinistro gli altari sono soltanto tre, perché nella prima arcata si trova la grande porta di comunicazione col Santuario.
Il primo altare che troviamo, eretto nel 1957, è quello dedicato alla Madonna del Rosario. Il quadro è dipinto da Antonio Mura, ed è diviso in due sezioni. Nella parte alta c’è la Madonna col Bambino tra le braccia circondata da schiere di angeli e spiriti celesti. Ai suoi piedi si distingue la figura di San Domenico, cui la Vergine porge il Rosario. Ci sono inoltre Santa Caterina da Siena e il Papa San Pio V. C’è anche la figura seminascosta di Bartolo Longo, l’apostolo del Rosario e fondatore del Santuario di Pompei. Si vedono anche altri campanili di Santuari mariani sparsi nel mondo.
La parte inferiore è divisa in tre sezioni, comprendenti la Natività, la Flagellazione di Gesù, la sua Risurrezione a ricordo dei misteri gaudiosi, dolorosi e gloriosi.

Il secondo altare è quello della Madonna della Mercede, eretto nel 1958. Il dipinto risale al 1961 e descrive l’apparizione della Vergine a San Pietro Nolasco, in abito da Cavaliere, a San Raimondo di Peñafort e al Re Don Giacomo I di Aragona.

Segue l’Altare dell’Immacolata, con il quadro di Antonio Mura; risale al 1950. Rappresenta la Vergine in gloria circondata da uno stuolo di angeli e santi, sotto lo sguardo dell’Eterno Padre.

C’è poi il Transetto che comprende due grandi spazi a destra ed a sinistra, che racchiudono il presbiterio nel quale c’è l’altare basilicale, collocato sotto la cupola. Nel lato destro del Transetto vi è la consolle del grande organo costruito dalla ditta Tamburini di Crema, installato nel 1960. L’organo è composto da 5000 canne sistemate nelle cantorie del transetto. E’ l’organo più grande di tutta la Sardegna.

In fondo alla parete destra, su un piedistallo marmoreo, si trova la statua della Madonna del Combattente, opera di Francesco Ciusa, che rappresenta la Madonna che copre col suo mantello due giovani.

Vi sono poi le due Cappelle, quella della Madonna della Vittoria o dei Caduti, nella parte destra, e quella del Santissimo Sacramento, nella parte sinistra.

La Cappella della Madonna della Vittoria fu costruita nel 1930 per iniziativa delle madri dei caduti in guerra. L’altare è in stile barocco, ed il suo centro è occupato da un bel bassorilievo che rappresenta la Pietà inserita in una cornice bianca marmorea circondata da quattro colonne policrome con capitelli corinzi. In alto, sopra il cornicione, vi sono degli angeli in mezzo ai quali campeggia la figura della Vittoria in bronzo dorato, alta due metri e mezzo. Nel punto più alto è posta la Croce. Nelle pareti laterali di questa Cappella vi sono delle lapidi di notevole altezza dove sono scolpiti i nomi dei caduti cagliaritani della Prima Guerra Mondiale, cui in seguito furono aggiunti quelli dell’ultimo conflitto mondiale.

La Cappella del Santissimo è rivestita di marmi policromi. Sull’altare, sopra il bel Tabernacolo, c’è uno splendido quadro di Antonio Mura che rappresenta la Cena di Emmaus con Gesù che spezza il pane mentre viene riconosciuto dai due discepoli.